L’entrepreneur individuel qui opte pour le régime de la micro-entreprise bénéficie d’une simplification notable de ses obligations comptables, fiscales et sociales.
Toutefois, ce régime n’est pas sans risques, tant sur le plan juridique que fiscal et social.

Les risques encourus tiennent à la fois à la nature de l’entreprise individuelle, à la spécificité du régime micro-entreprise, à la séparation des patrimoines, à la gestion des seuils de chiffre d’affaires, à la tenue des obligations déclaratives et à la protection sociale.
L’analyse qui suit expose, à la lumière des textes et de la jurisprudence, les principaux risques auxquels s’expose l’entrepreneur individuel en micro-entreprise.
En synthèse, l’entrepreneur individuel en micro-entreprise s’expose à des risques de confusion de patrimoines en cas de mauvaise gestion, à la perte du bénéfice du régime micro en cas de dépassement des seuils ou de non-respect des obligations déclaratives, à des redressements fiscaux et sociaux, à la remise en cause de la protection de son patrimoine personnel, ainsi qu’à des sanctions en cas de manquements.
La jurisprudence récente illustre la rigueur des juridictions dans l’appréciation de ces risques et la nécessité d’une gestion rigoureuse de l’activité.
Définition et fondements du régime de la micro-entreprise
Le régime de la micro-entreprise est un régime fiscal et social simplifié, ouvert aux entrepreneurs individuels dont le chiffre d’affaires n’excède pas certains seuils.

Selon l’Article 50-0 du Code général des impôts, « Sont soumises au régime défini au présent article pour l’imposition de leurs bénéfices les entreprises dont le chiffre d’affaires hors taxes, ajusté s’il y a lieu au prorata du temps d’exploitation au cours de l’année de référence, n’excède pas, l’année civile précédente ou la pénultième année : 188 700 € s’il s’agit d’entreprises dont le commerce principal est de vendre des marchandises, objets, fournitures et denrées à emporter ou à consommer sur place ou de fournir le logement (…); 77 700 € s’il s’agit d’autres entreprises. »
Ce régime s’accompagne d’un abattement forfaitaire pour frais professionnels et d’une simplification des obligations comptables, comme le rappelle l’Article L123-16-1 du Code de commerce : « Par dérogation aux dispositions du troisième alinéa de l’article L. 123-12, les micro-entreprises, à l’exception de celles dont l’activité consiste à gérer des titres de participations et de valeurs mobilières, ne sont pas tenues d’établir d’annexe. »
L’entrepreneur individuel, au sens de l’Article L526-22 du Code de commerce, « est une personne physique qui exerce en son nom propre une ou plusieurs activités professionnelles indépendantes (…). Les biens, droits, obligations et sûretés dont il est titulaire et qui sont utiles à son activité ou à ses activités professionnelles indépendantes constituent le patrimoine professionnel de l’entrepreneur individuel (…). Les éléments du patrimoine de l’entrepreneur individuel non compris dans le patrimoine professionnel constituent son patrimoine personnel. »
Risques juridiques liés à la gestion de la micro-entreprise
L’un des principaux risques juridiques encourus par l’entrepreneur individuel en micro-entreprise réside dans la confusion des patrimoines professionnel et personnel.

En principe, la loi distingue ces deux patrimoines, protégeant le patrimoine personnel contre les créanciers professionnels, sauf exceptions. Toutefois, cette protection n’est pas absolue.
L’Article L526-22 du Code de commerce dispose que « l’entrepreneur individuel n’est tenu de remplir son engagement à l’égard de ses créanciers dont les droits sont nés à l’occasion de son exercice professionnel que sur son seul patrimoine professionnel, sauf sûretés conventionnelles ou renonciation (…). » Cependant, la jurisprudence montre que le non-respect des obligations de séparation des patrimoines, notamment l’absence de compte bancaire dédié ou la confusion des flux financiers, peut entraîner l’extension de la procédure collective au patrimoine personnel.
La jurisprudence l’illustre parfaitement dans l’arrêt Cour d’appel de Lyon, 3e chambre a, 30 mai 2024, n° 23/08893 : « Les dettes dont l’entrepreneur individuel est redevable envers les organismes de recouvrement des cotisations et contributions sociales sont nées à l’occasion de son exercice professionnel. Seul le patrimoine personnel de l’entrepreneur individuel constitue le gage général des créanciers dont les droits ne sont pas nés à l’occasion de son exercice professionnel. Toutefois, si le patrimoine personnel est insuffisant, le droit de gage général des créanciers peut s’exercer sur le patrimoine professionnel, dans la limite du montant du bénéfice réalisé lors du dernier exercice clos (…). En particulier, l’article R. 526-26, 5°, définit les biens, droits, obligations et sûretés de l’entrepreneur individuel, dont ‘les fonds de caisse, toute somme en numéraire conservée sur le lieu d’exercice de l’activité professionnelle, les sommes inscrites aux comptes bancaires dédiés à cette activité (…).’ »
Dans cette affaire, l’entrepreneur individuel avait utilisé un compte bancaire unique pour ses opérations professionnelles et personnelles, ce qui a conduit la cour à constater une confusion des patrimoines et à étendre la liquidation judiciaire à son patrimoine personnel. Ce risque est donc majeur : la protection du patrimoine personnel n’est effective que si l’entrepreneur respecte strictement la séparation des patrimoines et les obligations comptables.
Risques fiscaux : perte du régime, redressements et sanctions
Le régime micro-entreprise est conditionné au respect de seuils de chiffre d’affaires et d’obligations déclaratives.
Le dépassement des seuils ou le non-respect des obligations entraîne la perte du bénéfice du régime et l’application rétroactive d’un régime réel, avec des conséquences fiscales importantes.

L’Article 50-0 du Code général des impôts précise les seuils applicables et les exclusions du régime.
La jurisprudence est constante sur ce point. Ainsi, dans l’arrêt CAA de DOUAI, 4ème chambre, 21 novembre 2024, 23DA01629, la cour rappelle que « les chiffres d’affaires générés par l’activité exercée par M. C… n’ont respecté, ni au titre de la période couvrant l’année 2016, ni au titre de celle correspondant à l’année 2017, les limites mentionnées au 2° du I de l’article 293 B du code général des impôts. Par suite, c’est à bon droit que l’administration a remis en cause, pour les exercices clos les mêmes années, le bénéfice du régime de micro-entreprise, prévu à l’article 50-0 du même code, sous lequel M. C… avait placé son activité individuelle lors de sa création et dont ces dispositions conditionnent l’accès au respect de ces limites. »
Le non-respect des seuils expose donc l’entrepreneur à un redressement fiscal, avec application rétroactive du régime réel, recalcul des bénéfices imposables, perte de l’abattement forfaitaire, et, le cas échéant, application de pénalités pour manquement délibéré, comme le rappelle la même décision.
La jurisprudence Cour Administrative d’Appel de Marseille, 4ème chambre-formation à 3, 10 juillet 2012, 09MA01245 confirme que « la cour a estimé que le chiffre d’affaires de M. A dépassait les limites fixées par les articles 50-0 et 293 B du code général des impôts, justifiant ainsi le refus des régimes d’imposition sollicités. »
De même, la décision CAA de NANCY, 2ème chambre, 22 décembre 2022, 21NC00288 précise que « les plafonds de chiffre d’affaires annuel fixés par les dispositions précitées de l’article 50-0 du code général des impôts pour ouvrir droit au régime de faveur qu’elles prévoient au bénéfice des micro-entreprises correspondent au montant du chiffre d’affaires total résultant de l’activité de l’entreprise, y compris lorsque cette entreprise est exploitée par une indivision (…). »
Le non respect des obligations déclaratives :
Un autre risque fiscal tient à la remise en cause du régime en cas de non-respect des obligations déclaratives.

L’Article L613-7 du Code de la sécurité sociale prévoit que « Les cotisations et les contributions de sécurité sociale dont sont redevables les travailleurs indépendants mentionnés au II du présent article bénéficiant des régimes définis aux articles 50-0 et 102 ter du code général des impôts sont calculées mensuellement ou trimestriellement, en appliquant au montant de leur chiffre d’affaires ou de leurs recettes effectivement réalisés le mois ou le trimestre précédent un taux global fixé par décret (…). »
La jurisprudence Cour d’appel de Toulouse, 4ème chambre section 3, 25 octobre 2019, n° 18/02216 illustre le risque d’une mauvaise interprétation des règles de calcul du chiffre d’affaires : « M. X expose qu’il a débuté son activité le 13 décembre 2016 et a opté pour le statut d’auto-entrepreneur. Il a établi en décembre 2016 une seule facture de 15 987 euros, somme qui correspond à son chiffre annuel 2016 soit en moyenne mensuelle 1 332.25 euros hors taxes, estimant de bonne foi être en dessous du seuil de 32 900 euros hors taxes de chiffre d’affaires annuel requis pour le régime micro-entreprise. (…) La cour a jugé que le chiffre d’affaires réalisé par M. X en 2016 était effectivement inférieur au seuil du régime fiscal des micro-entreprises, ce qui justifie son maintien dans ce régime. » Cette décision montre que l’annualisation du chiffre d’affaires n’est pas automatique et que le respect des seuils doit être apprécié en fonction de la période réelle d’activité.
Enfin, le non-respect des obligations comptables et déclaratives peut entraîner une taxation d’office, comme le rappelle la décision CAA de VERSAILLES, 3ème chambre, 8 décembre 2020, 18VE02724 : « Le 2 du même article prévoit que : » Sont exclus de ce régime : b. Les contribuables qui ne bénéficient pas des dispositions du I (1) de l’article 293 B. Cette exclusion prend effet à compter du 1 er janvier de l’année de leur assujettissement à la taxe sur la valeur ajoutée… « . Par ailleurs, l’article L. 73 du livre des procédures fiscales prévoit : » Peuvent être évalués d’office : 1° Le bénéfice imposable des contribuables qui perçoivent des revenus provenant d’entreprises industrielles, commerciales ou artisanales, ou des revenus d’exploitations agricoles imposables selon un régime de bénéfice réel, lorsque la déclaration annuelle prévue à l’article 53 A du code général des impôts n’a pas été déposée dans le délai légal ; (…) Les dispositions de l’article L. 68 sont applicables dans les cas d’évaluation d’office prévus aux 1° et 2°. « . »
Risques sociaux : perte du régime micro-social, redressements et conséquences sur la protection sociale
Sur le plan social, l’entrepreneur individuel en micro-entreprise bénéficie d’un régime simplifié de calcul et de paiement des cotisations sociales, appelé micro-social. L’Article L613-7 du Code de la sécurité sociale dispose que « Les cotisations et les contributions de sécurité sociale dont sont redevables les travailleurs indépendants mentionnés au II du présent article bénéficiant des régimes définis aux articles 50-0 et 102 ter du code général des impôts sont calculées mensuellement ou trimestriellement, en appliquant au montant de leur chiffre d’affaires ou de leurs recettes effectivement réalisés le mois ou le trimestre précédent un taux global fixé par décret (…). »
La jurisprudence Cour d’appel d’Aix-en-Provence, Chambre 4 8b, 23 mai 2025, n° 23/08659 rappelle que « les auto-entrepreneurs bénéficient d’un régime dérogatoire quant à l’assiette et aux taux des cotisations et contributions de sécurité sociale, lesquelles sont calculées sur la base de leur chiffre d’affaires. » Toutefois, la perte du bénéfice du régime micro-entreprise, notamment en cas de dépassement des seuils ou de non-respect des obligations déclaratives, entraîne la sortie du régime micro-social et l’application rétroactive du régime de droit commun, avec un recalcul des cotisations sur la base des revenus réels, ce qui peut générer des arriérés importants.
La décision Cour d’appel d’Aix-en-Provence, Chambre 4 8b, 13 décembre 2024, n° 23/08679 confirme que « les auto-entrepreneurs bénéficient d’un régime dérogatoire quant à l’assiette et aux taux des cotisations et contributions de sécurité sociale, qui sont calculées sur la base de leur chiffre d’affaires. » Mais ce régime est conditionné au respect des seuils et des obligations déclaratives.
En cas de manquement, l’URSSAF peut procéder à des redressements, réclamer des cotisations supplémentaires, voire appliquer des pénalités. La jurisprudence Cour d’appel de Paris, Pôle 6 chambre 13, 10 mars 2023, n° 20/00403 illustre le risque de refus d’affiliation ou de radiation du régime en cas de non-respect des conditions d’accès ou de reprise d’activité sans respecter le délai de carence : « En l’espèce, M. [T] [M] a été inscrit en qualité d’auto-entrepreneur du 16 septembre 2012 au 30 septembre 2014 (…). Il résulte des éléments du dossier que l’URSSAF a procédé à la radiation de l’affiliation de M. [T] [M] le 30 septembre 2014. (…) Un délai de carence d’une année civile entre la date de radiation et de reprise de l’activité s’appliquait. Or, ce n’est pas le cas en l’espèce (…). Ainsi, c’est à bon droit que l’URSSAF d’Ile-de-France a refusé l’affiliation de M. [T] [M] au régime de l’auto-entreprise à compter du 16 avril 2015 pour l’exercice de la même activité. »
Risques liés à la responsabilité pour insuffisance d’actif et à la liquidation judiciaire
En cas de difficultés économiques, l’entrepreneur individuel en micro-entreprise peut faire l’objet d’une procédure de liquidation judiciaire. L’Article L651-2 du Code de commerce prévoit que « Lorsque la liquidation judiciaire d’une personne morale fait apparaître une insuffisance d’actif, le tribunal peut, en cas de faute de gestion ayant contribué à cette insuffisance d’actif, décider que le montant de cette insuffisance d’actif sera supporté, en tout ou en partie, par tous les dirigeants de droit ou de fait, ou par certains d’entre eux, ayant contribué à la faute de gestion (…). Lorsque la liquidation judiciaire a été ouverte ou prononcée à raison de l’activité d’un entrepreneur individuel à responsabilité limitée à laquelle un patrimoine est affecté, le tribunal peut, dans les mêmes conditions, condamner cet entrepreneur à payer tout ou partie de l’insuffisance d’actif. La somme mise à sa charge s’impute sur son patrimoine non affecté. »
Ainsi, en cas de faute de gestion, l’entrepreneur individuel peut voir sa responsabilité engagée au-delà de son patrimoine professionnel, notamment si la séparation des patrimoines n’a pas été respectée ou en cas de confusion des patrimoines, comme l’illustre la jurisprudence précitée.
Conclusion
L’entrepreneur individuel en micro-entreprise bénéficie d’un régime attractif, mais il doit être conscient des risques juridiques, fiscaux et sociaux qui y sont attachés. Le non-respect des seuils de chiffre d’affaires, des obligations comptables et déclaratives, ou la confusion des patrimoines, expose à la perte du régime, à des redressements fiscaux et sociaux, à la remise en cause de la protection du patrimoine personnel, voire à des sanctions pécuniaires et à l’extension de la procédure collective au patrimoine personnel. La jurisprudence récente montre la vigilance des juridictions sur le respect des conditions du régime et la rigueur dans l’appréciation des manquements. Une gestion rigoureuse, la tenue d’une comptabilité séparée et le respect strict des obligations déclaratives sont donc essentiels pour limiter ces risques.
Créer sa micro-entreprise n’est pas une chose anodine, il vaut mieux être accompagné notamment dans sa gestion.
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